Gonzalo Aguilar es autor, entre otros, de los libros Poesía concreta brasileña. Las vanguardias en la encrucijada modernista (2003, traducido al portugués); Otros mundos. Un ensayo sobre el nuevo cine argentino (2006, traducido al inglés); Episodios cosmopolitas en la cultura argentina (2009), y Por una ciencia del vestigio errático. Ensayos sobre la antropofagia de Oswald de Andrade (2010). En 2010 publicó Borges va al cine, escrito en colaboración con Emiliano Jelicié y en 2017 A máquina performática, a literatura no campo experimental, en coautoría con Mario Cámara. En 2015 publicó Más allá del pueblo. Imágenes, indicios y políticas del cine (Buenos Aires, Fondo de Cultura Económica) y en 2016, en Brasil, el libro Hélio Oiticica, a asa branca do êxtase: arte brasileira de 1964-1980 (Río de Janeiro, Rocco). Su último libro es ¿Qué es más macho? Ensayos sobre las masculinidades editado por Fondo de Cultura Económica. En 2021, curó junto con Samuel Titán la muestra Madalena Schwartz: As Metamorfoses - Travestis e transformistas na SP dos anos 70 que se expuso en el Instituto Moreira Salles de San Pablo y en el museo MALBA de Buenos Aires.